Apacheにはhttpd.confの他にサーバ設定ファイル（アクセス制御ファイル）として.htaccessファイルがあります。
httpd.confで設定された部分を、あるディレクトリだけ違う設定にしたい場合などに.htaccessを使用します。

httpd.confがサーバ起動時に読み込まれる設定ファイルであるのに対して、.htaccessはサーバにリクエストがあるたびに毎回検索されて設定が読み込まれるファイルです。

.htaccessファイルというファイル名は、httpd.confのAccessFileNameディレクティブで指定しています。
ですので、httpd.confの設定によってはアクセス制御ファイル名を変更することも可能です。但し、一般的には.htaccessです。

.htaccessは格納すればすぐに適用されるため再起動する必要がありません。
これはサーバにアクセスされるたびにサーバが.htaccessをルートから検索していくため再起動する必要がありません。

一方デメリットとしては、サーバパフォーマンスが低下します。
これはサーバが.htaccessをアクセスされるたびに検索されるためです。

あるディレクトリに対してBASIC認証と.htaccessによる2重の制限をかけたところ、.htaccessによってまず最初に拒否されます。
.htaccessで拒否設定していないIPはBASIC認証が出てきます。
不確定ですが、.htaccessで制限をかけてその後にBASIC認証による制限がかかるという順番のようです。

http://www.confage.com/ というようにアクセスされた場合はデフォルトインデックスを見にいきます。
デフォルトインデックスは以下のように複数指定できますし、師弟順に見に行くようになっています。