文字長指定して文字列比較するには strncmp を使用します。
strncmpは第一引数の文字列と第二引数の文字列を、文字列の先頭から第三引数で与えられたバイト長までで比較します。
string.hをincludeする必要があります。

#include <stdio.h>
#include <string.h>

void main(){
  char a[]="yamamoto";
  char b[]="yamad";

  if(strncmp(a,b,5)==0){
    fprintf(stdout,"等しい\n");
  }else{
    fprintf(stdout,"等しくない\n");
  }
}