~は論理否定を意味します。
論理否定は以下の通りです。

00001100
11110011

上段の論理否定が下段になります。ビットが全て逆になるのが論理否定です。
以下は論理否定を使ったプログラムです。

#include <stdio.h>

main()
{
    int i;

    i = ~2;
    printf("%d\n",i);
}