cygwinにPerlのモジュールであるDBIx::Customをインストールするには

perl -MCPAN -e "install 'DBIx::Custom'"

を実行します。インストール途中一回yesと入力する必要があります。
モジュールがインストールされたか確認するには

perl -e "use DBIx::Custom"

で確認できます。インストールできなかった場合は、

perl Makefile.PL
make
make install

でインストールできます。