cygwinにPerlのモジュールであるJcodeをインストールするには

perl -MCPAN -e "install 'Jcode'"

を実行します。モジュールがインストールされたか確認するには

perl -e "use Jcode"

で確認できます。インストールできなかった場合は、

perl Makefile.PL
make
make install

でインストールできます。