mysqladmin コマンドを使用して MySQL で実行中のプロセスを強制的に停止することができます。

mysqladmin kill プロセスID -u root -p

下記のようにカンマ区切りで指定する事で複数のプロセスを停止させる事が出来ます。 複数プロセスを指定する際、カンマの後ろに半角スペースを含めてしまうとコマンドは正しく実行されないので注意が必要です。

mysqladmin kill プロセスID1,プロセスID2,プロセスID3 -u root -p