MySQLのバージョンを確認するにはSQLで調べることが出来ます。
MySQLにログインして以下のSQLを実行するとバージョンが表示されます。

mysql> select version();
+-----------+
| version() |
+-----------+
| 5.1.52    |
+-----------+
1 row in set (0.01 sec)

mysql>