SQL Serverをインストールした後は、デフォルトではCLRは無効になっています。
CLRを利用可能にするには、「構成ツール」-「SQL Server セキュリティ構成」を開きます。
画面の下に、「昨日のセキュリティ構成」というのがあるのでそれをクリックします。
データベースエンジンの「CLR統合」をクリック、「CLR統合を有効にする」にチェックをつけます。これでCLRが利用可能になります。