ftpのサブコマンドとしてmdeleteコマンドがあります。
mdeleteコマンドはftpサーバにあるファイルを削除するコマンドです。
使用方法は

mdelete ファイル名

と実行するだけです。この時、ファイル名にワイルドカードが使用することができます。
以下実行例は、カレントディレクトリにa.htmlとb.htmlが存在している場合にワイルドカードを使用してmdeleteした例です。
ファイル削除時に対話的に聞かれますので、削除する場合はEnterを押します。削除しない場合はnを入力してEnterを押します。