ナビゲータービューで、ファイルやパッケージなどをアクティブにした状態で、「編集」 - 「削除」を選択すると、該当リソースが削除されます。
削除する際、下図のような確認画面が表示されます。



ここで「OK」を押すと、リソースが削除されます。
ショートカットコマンドでは

Delete

と押すと同じ操作になります。

また、javaエディターをアクティブに「編集」 - 「削除」を選択すると、javaエディター内でdeleteを押したのと同じ操作になります。