javaエディターをアクティブにした状態で、カーソルを置いた行にブレークポイントを設定することが出来ます。
「実行」 - 「行ブレークポイントの切り替え」を選択するとカーソル行にブレークポイントが設定されます。
設定されるとエディター左側のバーに下図のようなマークがつきます。
但し、コメント行などにはブレークポイントは設定できません。



ブレークポイントの設定を解除したい場合も、「実行」 - 「行ブレークポイントの切り替え」カーソル行のブレークポイントの設定を解除することができます。
ショートカットコマンドでは

ctrl + shift + b

と押すと行ブレークポイントの切り替え出来ます。