Eclipseで作成したプロジェクトやファイルは、Eclipse起動時に設定したワークスペース（ディレクトリ）配下に保存されます。
この場所を変更したい場合、「ファイル」 - 「ワークスペースの切り替え」を選択します。
すると下図のようなウィンドウが表示されますので、「ワークスペース」欄に保存したい場所を入力し「OK」をクリックするとプロジェクトやファイルの保存場所が変更されます。


どのワークスペースを選択しても、Eclipseは再起動されます。