「ファイル」 - 「閉じる」を選択すると現在開いているjavaエディターが閉じられます。
javaエディターがアクティブでなくても、現在開いているjavaエディターが閉じられます。
ショートカットコマンドでは

ctrl + F4

と押すと同じようにjavaエディターを閉じることができます。