「ファイル」 - 「すべて閉じる」を選択すると現在開いている全てのjavaエディターが閉じられます。
javaエディターがアクティブでなくても、現在開いている全てのjavaエディターが閉じられます。
ショートカットコマンドでは

ctrl + shift + F4

と押すと同じように全てのjavaエディターを閉じることができます。