「ファイル」 - 「すべて保管」を選択すると現在開いている全てのjavaエディターの変更が保存されます。
javaエディターがアクティブでなくても、現在開いている全てのjavaエディターの変更が保存されます。
ショートカットコマンドでは

ctrl + shift + s

と押すと同じように全てのjavaエディターの変更を保存することができます。