「検索」 - 「ファイル」を選択すると下図のファイルウィンドウが「ファイル検索」タブを表示した状態で開きます。



「含まれるテキスト」欄に文字列を入力し、検索時に大文字小文字を区別したい場合は「大/小文字の区別」欄にチェックを入れます。
「含まれるテキスト」欄で正規表現を使用したい場合は「正規表現」欄にチェックを入れます。
「ファイル名のパターン」欄にはパターンを入力します。(*.javaなど)
右にある「選択」ボタンを押すといくつかのパターンが表示されます。
「派生リソースを考慮する」にチェックを入れるとclassファイルなどの派生リソースを検索することもできます。
また、「検索範囲」欄で、ワークスペース、選択されたリソース、エンクロージング・プロジェクト、ワーキング・セットを検索範囲とすることができます。
選択されたリソースは、パッケージ・エクスプローラーなどでリソースを選択した状態でファイルウィンドウを開いた場合にのみ使用可能になります。

これらを設定して、「検索」を押すと、ファイルビューにファイル結果が表示されます。