「ソース」 - 「行区切り文字の変換」を選択すると、CRLF(Windows)、LF(UNIX,MacOS X)、CR(Classic MacOS)の三つが表示されます。
この三つのうちのどれかに [デフォルト] と表示されているはずです。
それが現在アクティブなjavaエディターの行区切り文字になります。
これを変更したい場合に、「ソース」 - 「行区切り文字の変換」で行区切り文字を選択すると、現在アクティブなファイルの行区切り文字が変換されます。