Flexアプリケーションは、まず MXMLファイルを作成します。その後、作成したmxmlファイルをコンパイルしてswfファイルを生成します。 (FlexBuilder等のツールをインストールしている場合は、ツールが自動でコンパイルしてくれます。)
実際動かす際は、swfファイルを読み込んで処理してくれます。

Flexアプリケーションは、以下のようになります。
<mx:application>で囲まれた中にコードを埋め込んでいきます。

<?xml version="1.0"?>
<mx:Application xmlns:mx="http://www.adobe.com/2006/mxml">

  ↓↓ここにプログラムを埋め込みます。↓↓

</mx:Application>