DecimalFormatでは数値を成型することができます。マイナス値も対応しています。
以下のように###,###.000とすると少数第三位まで表示し、第二位までしかない場合は0埋めされます。

public class Test {
  public static void main(String[] args) {
    System.out.println(new DecimalFormat("###,###.000").format(-1234.56));
  }
}

実行結果は以下の通りです。

-1,234.560