標準入力はSystem.inです。このストリームから1文字読み込むにはjava.io.InputStreamReaderクラスを使用します。
1文字読み込むにはInputStreamReaderクラスのread()メソッドを使用します。

以下、標準入力からyかnを押した時の例です。
yと入力するとyと表示され、nと入力するとnと表示されます。

import java.io.InputStreamReader;

public class Test{
    public static void main(String[] args){
        InputStreamReader reader=new InputStreamReader(System.in);
        try{
            System.out.println("y/n?");
            int key = reader.read();
            if(key == 'y' || key == 'Y'){
                System.out.println((char)key);
            }else{
                System.out.println((char)key);                
            }
        }catch(Exception e){
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

yを押した時の出力結果です。

y/n?
y