バイナリファイルをコピーするにはBufferedInputStreamクラスとBufferedOutputStreamクラスを使用します。
コピー元ファイルが存在しない場合、エラーとなります。
コピー先ファイルが存在しない場合は、新規作成されます。

import java.io.*;

public class Test{
    public static void main(String args[]) throws IOException{
        int bf;

        BufferedInputStream  src  = new BufferedInputStream(new FileInputStream("c:\\a.exe"));
        BufferedOutputStream dest = new BufferedOutputStream(new FileOutputStream("c:\\b.exe"));

        while ((bf = src.read()) >= 0){
            dest.write(bf);
        }
        dest.flush();
        src.close();
        dest.close();
    }
}