java.io.Fileクラスのmkdir()メソッドでディレクトリを作成することが可能です。
階層構造のディレクトリを作成することは出来ません。
以下、例です。

import java.io.File;

public class Test {
    public static void main(String[] args) {
        File file = new File("c:\\test1");
        file.mkdir();
    }
}

これで、c:\配下にtest1というディレクトリが作成されます。

階層ディレクトリを作成するにはmkdirs()メソッドを使用します。
c:\test1\test2のような2階層のディレクトリを作成することができます。
以下、例です。

import java.io.File;

public class B {
    public static void main(String[] args) {
        File file = new File("c:\\test1\\test2");
        file.mkdirs();
    }
}