CentOSでは、httpd.conf以外に外部設定ファイルを読み込むことができます。
CentOSでは、/etc/httpd/conf.d/配下にある拡張子がconfのファイルを読み込んでくれます。
これは、httpd.confファイル内で、以下の1文があるためです。

Include conf.d/*.conf

httpd.confのサイズが大きくなると、見にくくなるためこのような外部ファイル化があります。