WordPressのプラグインを設定するには、wp-content/pluginsディレクトリにプラグインを配置します。
あとは、WordPressがプラグインを認識しますので、管理画面よりプラグインの設定をすることが可能になります。

WordPress4.1-jaではプラグインは管理画面より「プラグイン」-「新規追加」からプラグインをインストール、設定することができます。