Googleで「警告- このウェブサイトにアクセスすると、コンピュータに損害が生じる可能性があります。」と表示されたらホームページが危険なサイトにリダイレクトされたり改ざんされた恐れがあります。
身に覚えのない.htaccessや内容が改ざんされていないか、身に覚えのないphpファイルがないかなど確認が必要です。

Googleのウェブマスターツールで危険なページを徹底的に洗い出す必要があります。
私の経験では、viエディタで.htaccessファイルを改ざんされて悪意のあるサイトにリダイレクトされた経験があります。

また、セーフブラウジング機能で自分のURLが悪意のあるサイトとみなされているかは以下のようにすると確認できます。

http://www.google.com/safebrowsing/diagnostic?site=自分のURL