デフォルトではドット付きファイルが見えなくなるので、表示するには設定を変更する必要があります。
/etc/proftpd.confに以下の記述を追加します。

ListOptions "-a"

ＦＴＰクライアントの設定が下記のようになっているか併せて確認してみてください。

・[表示]＞[．で始まるファイルを表示]のチェックを付ける。