TomcatにはJSPを処理して結果を返す機能があります。そのためJSPコンテナと呼ばれたりします。
JSPを処理するとは、具体的にはJSPからJavaソースを作成しそのJavaソースをコンパイルすることを言いますが、いつJSPが処理されるかというと、ブラウザからリクエスト要求(JSPにアクセス)した時にJSPが処理されます。

このため、初めてアクセスする場合はコンパイルされるため画面が表示されるまで多少時間がかかります。
2回目以降は、1回目に作成したクラスファイルを使用するため処理は早くなります。

JSPがコンパイルされる場所はxmlファイルに指定することが出来ます。
Tomcat5.5.9では、 %TOMCAT_HOME%\conf\server.xml ファイルに指定します。
デフォルトでは、 %TOMCAT_HOME%work 配下に作成されますが、server.xmlのContext要素のworkDir属性を変更することでクラスファイル作成場所を変更することが可能です。

以下は、TESTアプリケーションはC:\tomcat_project配下に作成し(docBaseで指定)、JSPにアクセスした時に作成されるJavaファイルとclassファイルはworkDirで指定されたC:\tomcat_project\workに作成されるように設定しています。

<Context path="/TEST" reloadable="true" docBase="C:\tomcat_project" workDir="C:\tomcat_project\work" />

ちなみに、reloadable属性では、Tomcat起動中にサーブレットクラスが修正された場合にそのサーブレットを再ロードするかどうかを指定しています。

再ロードする場合は、trueとします。