FFFTPをインストールするには、こちらよりダウンロードします。

FFFTPでは、アップロードする際に拡張子によって属性を指定することができます。
「オプション」 - 「環境設定」より、以下のウィンドウを開きます。



上記の例では、「追加」を押して、設定しています。phpや.phpではなく、*.phpと指定しなくてはいけません。
その他ファイルも同様に*.shなどとするように記述します。これでアップロードすると指定された属性でアップロードされます。