ダブルクォーテーションは特殊文字として <#DBL> であらわします。
以下の例は、ファイルをオープンし、aをダブルクォーテーションで囲んで入力している例です。

fid = FOPEN("c:\a.txt",F_READ or F_WRITE)
FPUT(fid,"<#DBL>" + "a" + "<#DBL>")
FCLOSE(fid)

上記例を実行し、以下のようなファイルができれば、OKです。<#DBL>はダブルクォーテーションで囲む必要があるので注意です。