現在編集しているファイルがいくつあるかわからなくなることがあります。
そういう場合は、ソリューションエクスプローラで、ソリューションを右クリックして「保留中のチェックインの表示」を押します。
すると現在編集中のファイル一覧が表示されますので、チェックインしたいファイルをチェックして、「チェックイン」を押すと選択したファイルをチェックインすることが出来ます。