インターネット一時ファイルやcookieの保存先を変更することが出来ます。
現在の保存先を調べるには、「ツール」 - 「インターネットオプション」を選択します。

すると下図のウィンドウが開きますので、「設定」をクリックします。



下図が表示されたら「はい」をクリックすると、所定の場所に存在するクッキーが削除されます。