ftpのサブコマンドとしてdisconnectコマンドがあります。
disconnectコマンドはftpサーバとのセッションを切断するコマンドです。
但し、プロンプトはftp>のままです。使用方法は

disconnect

と実行するだけです。disconnectとcloseコマンドは内部的にftpサーバのQUITコマンドを実行しているだけですので同じです。