ftpのサブコマンドとしてrenameコマンドがあります。
renameコマンドはリモートにあるファイルの名前を変更するコマンドです。
使用方法は

rename ftpサーバ側ファイル名 変更したいファイル名

というように実行します。
例えば、ftpサーバにあるa.htmlをa.html.bakというファイルに変更したい場合

rename a.html a.html.bak

と実行します。