ビルドとは、実行プログラム(この場合javaソース)をコンパイルして、クラスファイルを生成することを言います。
Eclipseではjava以外のソースをビルドしようとすると単なるコピーをします。
例えば、jspをビルドしてもビルドの指定先のフォルダに同じjspがコピーされます。
jspはjavaに変換されてクラスファイルを生成しますがそれはTomcatの機能になります。

jspのコンパイルについては詳しくは こちら を御覧下さい。