ブックマークを追加するには、追加したい行にカーソルを置いて、「編集」 - 「ブックマークの追加」を選択します。
もしくは追加したい行にカーソルを置いて、javaエディター左側のバーを右クリックすると「ブックマークの追加」が表示されますので、それを選択してもブックマークの追加が行われます。
ブックマークの追加が行われると、ブックマークビューに一覧表示されます。
ブックマークビューには下図のように追加されます。



また、該当行左側のバーに下図のようなマークが表示されます。



右側のバーには下図のようなマークが表示されます。



この右側のマークをクリックすると、該当行にジャンプすることができます。