javaエディターをアクティブにした状態で、カーソルを置いた行にブレークポイントを設定することが出来ます。
「実行」 - 「行ブレークポイントの切り替え」を選択するとカーソル行にブレークポイントが設定されます。
設定されるとエディター左側のバーに下図のようなマークがつきます。
但し、コメント行などにはブレークポイントは設定できません。



ブレークポイントの設定を解除したい場合も、「実行」 - 「行ブレークポイントの切り替え」カーソル行のブレークポイントの設定を解除することができます。
ショートカットコマンドでは


と押すと行ブレークポイントの切り替え出来ます。

ブレイクポイントを右クリックし、「ブレークポイント・プロパティ」を選択し、「条件付き」にチェックを入れます。
「trueの時に中断」を選択して、Javaで条件文を記述します。



すると、条件文がtrueの時のみブレイクポイントで止まるようになります。