パッケージエクスプローラでファイルを指定し、「ファイル」 - 「移動」を選択します。
すると下図のようなウィンドウが開きますので、移動したい場所を選択して「OK」を押すとファイルが移動されます。


「新規」を押すと、下図のようなウィンドウが開き、「ソース・フォルダー」欄にプロジェクトを指定して、「名前」欄にパッケージ名を指定すると新規でパッケージが作成され、その配下にファイルが移動されます。