javaエディターでファイルを開き、ファイル内容を変更すると、「ファイル」 - 「保管」を選択することができるようになります。
「保管」を選択すると、現在javaエディターエリアで表示されているファイルが保存されます。
javaエディターがアクティブでなくても、現在開いているファイルが保存されます。
ショートカットコマンドでは

ctrl + s

と押すと同じようにjavaエディターを保存することができます。