jarファイルはjavaのクラスファイルなどを圧縮して一つにまとめたファイル形式のことを言います。
jarファイルは、jarコマンドを使用して作成します。
jarコマンドには以下のような引数があります。

    -c  アーカイブを新規作成する
    -t  アーカイブの内容を一覧表示する
    -x  指定の (またはすべての) ファイルをアーカイブから抽出する
    -u  既存アーカイブを更新する
    -v  標準出力に詳細な出力を生成する
    -f  アーカイブファイル名を指定する
    -m  指定のマニフェストファイルからマニフェスト情報を取り込む
    -0  格納のみ。ZIP 圧縮を使用しない
    -M  エントリのマニフェストファイルを作成しない
    -i  指定の jar ファイルのインデックス情報を生成する
    -C  指定のディレクトリに変更し、以下のファイルを取り込む

今、C:\配下のtestフォルダを、sample.jarという名前のjarファイルにまとめたいとします。
このような場合、コマンドプロンプトでC:\配下をカレントディレクトリとし、以下のコマンドを実行します。

jar cf sample.jar -C test .

-C以降で、圧縮したいフォルダを指定し、スペースを挟んで.（ドット）を指定することによりtestフォルダ配下全てを指定します。

これで、C:\配下にsample.jarファイルが作成されます。
jarコマンドでは、圧縮時にMETA-INFフォルダが作成されます。このフォルダの中にはMANIFEST.MFというファイルが作成されます。