Eclipse起動時に引数を渡すことでjavawが使用するメモリを増やすことができます。
以下の引数を渡します。

-vm C:\j2sdk1.4.1_07\bin\javaw.exe -vmargs -Xmx256M

具体的には、Eclipseのショートカットを作成し、下図のように半角スペースを入れて上記引数を渡します。



これで、javawが使用するメモリを増やすことができます。

eclipse.iniにjavawを指定してheapメモリを増やす方法もあります。
eclipse.iniを修正すると起動しなくなったりすることがあるのでバックアップをとってからします。
以下、追加例です。

-vm
c:¥Java¥jdk1.5.0_9¥bin¥javaw.exe
-vmargs
-Xms120m
-Xmx1024m

Eclipse3.7 Indigoでは上記で動作確認できました。