「プロジェクト」 - 「クリーン」を選択すると、下図のようなウィンドウが表示されます。



ここで「OK」を押すと、ビルドが破棄されます。
ですので、クリーン実行後のビルドは、初めからビルドされることになります。

何らかの原因でプロジェクトがクリーン出来ない場合があります。
例えばビルドパスで（欠落）しているのがあると上手くクリーン出来ませんでした。
その他いろいろ原因はあるようですので、「問題」ビューを参考にされるとよいと思います。