ナビゲータービューで、現在開いているプロジェクトを選択すると、「プロジェクト」 - 「プロジェクトを閉じる」が選択できるようになります。
プロジェクトを閉じると、そのプロジェクトのリソースを表示することができなくなりますが、ローカル・ファイル・システムから削除されるわけではありません。
プロジェクトを閉じると使用するメモリも少なく済みます。
また、プロジェクトビルド時、閉じているプロジェクトはビルド対象になりませんのでビルド時間が短く済みます。