もう使用しないパースペクティブを閉じたい場合、「ウィンドウ」 - 「パースペクティブを閉じる」を選択すると現在アクティブなパースペクティブを閉じることが出来ます。
この時、未保存のリソースが存在する場合は下図のようなウィンドウが表示されます。



該当ファイルを保存したい場合は、そのファイル横のチェックボックスにチェックを入れて「OK」を押します。
すると、ファイルを保存してパースペクティブを閉じることが出来ます。
逆にチェックを入れなければ、ファイルの変更は破棄されてパースペクティブは閉じられます。