バイナリファイルをコピーするにはBufferedInputStreamクラスとBufferedOutputStreamクラスを使用します。
コピー元ファイルが存在しない場合、エラーとなります。
コピー先ファイルが存在しない場合は、新規作成されます。

import java.io.*;

public class Test{
  public static void main(String args[]) throws IOException{
    int bf;

    BufferedInputStream  src  = new BufferedInputStream(new FileInputStream("c:¥¥a.exe"));
    BufferedOutputStream dest = new BufferedOutputStream(new FileOutputStream("c:¥¥b.exe"));

    while ((bf = src.read()) >= 0){
      dest.write(bf);
    }
    dest.flush();
    src.close();
    dest.close();
    }
}