Javaのソースファイルは拡張子が.javaとなります。
このファイルを中間バイトコードを実行するには

javac ファイル名

と実行します。javac.exeはJDKのインストールしたディレクトリのbin配下にあります。ここは、パスが通っていますので、javacはカレントディレクトリがどこであっても実行可能です。
指定するファイルは拡張子が.javaのファイルです。

以下は、c:¥java¥compile配下にあるCompileMain.javaをコンパイルしている例です。
コンパイルが成功すると、同名で拡張子が.classのファイルが生成されます。

以下のようなディレクトリ構成でTestMain.javaをコンパイルしたいとします。
TestMain.java内ではSampleクラスを使用していることとします。

C:¥
  |_java
       |_ref¥
       |    |_ TestMain.java
       |_bean¥
             |_Sample.java

以下、カレントディレクトリをC:＆yen;java＆yen;ref＆yen;にしてコンパイルしている例です。
エラーが発生しているのが分かります。

これはコンパイル時に、Sample.javaがどこにあるかわからないために発生しているエラーです。
このエラーを回避するためにjavacを実行する際にオプションの -classpath を使用してSample.javaの在り処を指定してあげる必要があります。
以下、例です。

javac -classpath ディレクトリ ファイル名

今回の例では、以下のようにコンパイルします。
このとき、TestMain.classが生成されると同時にSample.javaもコンパイルされるため、どちらもエラーがなければSample.classも同時生成されます。