「$_FILES」というスーパーグローバル変数を使うと、ファイル情報を取得し、アップロードできます。

＜form＞タグには、enctype属性として、「multipart/form-data」を指定します。
また、＜input＞タグ（type属性：file）のname属性を「uploadfile」とした場合、
$_FILES[uploadfile][name] は、指定したファイル名
$_FILES[uploadfile][size] は、ファイルサイズ
$_FILES[uploadfile][tmp_name] は、アップロード後のテンポラリファイル名
が取得できます。

以下が簡単なサンプルになります。

（php部）
<?php
// 実行ボタンが押された時
if (isset($_POST[btnExec])) {
    // ファイルの転送先を設定します。ファイルパス（絶対パス、ファイル名まで含む）を指定します。
    // また、転送先はパーミッションの書き込み権限を許可してください。
    $movetofile = "fullpath/" . $_FILES[uploadfile][name];
    // テンポラリファイルを正規の場所に移動します。
    move_uploaded_file( $_FILES[uploadfile][tmp_name], $movetofile );
}
?>

（html部）
<form method="post" enctype="multipart/form-data">
    <input type="file" name="uploadfile" size="75">
    <input type="submit" name="btnExec" value="実行">
</form>

「参照」ボタンでファイルを選択し、「実行」ボタンでアップロードを行う。