sakuraエディタで共通設定が保存されない場合、C:¥Program Files配下にsakuraをインストールしていて、Power Usersでない場合に設定ファイルに書き込む権限がないため、共通設定が保存できないという現象があります。
C:¥Program Files¥sakuraをC:¥Users¥<ユーザ名>配下にフォルダごとコピーします。

これで共通設定を保存することができるようになります。