server.xmlはサーブレット仕様に準拠したjavaサーブレットコンテナであればどのコンテナでも利用できます。
tomcatでは、server.xmlは tomcat\conf 配下に置かれています。

tomcatは起動時にまずconf配下のserver.xmlを読み込みます。
以下にserver.xmlの雛形を示します。

<Server port="8005" shutdown="SHUTDOWN" debug="0">
 
 <Listener className="org.apache.catalina.mbeans.ServerLifecycleListener" debug="0"/>
  
  <Listener className="org.apache.catalina.mbeans.GlobalResourcesLifecycleListener" debug="0"/>
    
  <GlobalNamingResources>
    <Environment name="simpleValue" type="java.lang.Integer" value="30"/>
	<Resource name="UserDatabase" auth="Container" type="org.apache.catalina.UserDatabase" description="User 
         database that can be updated and saved">
      
    </Resource>
    
    <ResourceParams name="UserDatabase">
      <parameter>
        <name>factory</name>
        <value>org.apache.catalina.users.MemoryUserDatabaseFactory</value>
      </parameter>
      <parameter>
        <name>pathname</name>
        <value>conf/tomcat-users.xml</value>
      </parameter>
    </ResourceParams>
  </GlobalNamingResources>
   
  <Service name="Catalina">
	<Connector port="8080" maxThreads="150" minSpareThreads="25" maxSpareThreads="75" enableLookups="false"
         redirectPort="8443" acceptCount="100" debug="0" connectionTimeout="20000" disableUploadTimeout="true" />
    
    <Connector port="8009" enableLookups="false" redirectPort="8443" debug="0" protocol="AJP/1.3" />

    <Engine name="Catalina" defaultHost="localhost" debug="0">

	  <Logger className="org.apache.catalina.logger.FileLogger" prefix="catalina_log."
           suffix=".txt" timestamp="true"/>
     
      <Realm className="org.apache.catalina.realm.UserDatabaseRealm" debug="0" resourceName="UserDatabase"/> 

	  <Host name="localhost" debug="0" appBase="webapps" unpackWARs="true" autoDeploy="true"
           xmlValidation="false" xmlNamespaceAware="false">

        <!-- add start by H.Moriya 2006.09.04 -->
        <Valve className="org.apache.catalina.valves.RemoteAddrValve" deny="192.0.0.*, 127.0.0.*" />
        <!-- add end   by H.Moriya 2006.09.04 -->
    
		<Logger className="org.apache.catalina.logger.FileLogger" directory="logs" 
                  prefix="localhost_log." suffix=".txt" timestamp="true"/>

      </Host>
    </Engine>
  </Service>
</Server>

server.xmlは<Server>要素と</server>要素に囲まれています。この要素の中に、他の要素を記述します。
最初に<server>要素について説明します。

この要素はtomcat自身を表わした要素で、server.xmlに一つしか記述できない要素です。
tomcatインストール時にデフォルトでportやshutdownやdebugが以下のように指定されています。

<Server port="8005" shutdown="SHUTDOWN" debug="0">

このポート番号は停止リクエストを受け付けるポート番号で、インターネット経由でのサーバ停止を防ぐようにこのポートへのアクセスはtomcatを実行しているローカルマシンからしかアクセスできません。
shutdown属性で指定されている文字列は、サーバを停止するために送信する文字列です。

この要素はエンジンやそれに接続されるコネクタを指定します。
この要素内には最低でも<Engine>要素と、<Connector>要素を一つ設定しなくてはいけません。
またservice要素の属性としてname属性があります。name属性は必須で、指定するのはこのサービスの名称で、任意の文字列です。

		<Service name="CONFRAGE">

上記のように変更してtomcatを再起動すると下図のようにサービス名が表示されます。

Tomcat4.xではreloadable="true"とするとオートリロード機能が有効になります。
デフォルトは15秒です。
以下、例です。

<Context path="/test" reloadable="true" docBase="C:\XXX" workDir="C:\XXX\work\org\apache\jsp" />