IISのヘッダ情報を制御するには、Urlscanというツールをインストールします。
IIS5.1でUrlscan2.5の動作を確認しています。
こちらよりダウンロードしてください。
exeを実行し、以下の画面が表示されたら正常にインストール完了しています。

%windir%¥system32¥inetsrv¥urlscan¥に以下のファイルがインストールされます。
urlscan.dll
urlscan.exe
urlscan.ini
urlscan.iniをテキストファイルで開いて編集するだけで、あとのファイルは使いません。
以下のヘッダ情報を見てください。

サーバの情報(バージョンなど)が表示されています。これを表示しないようにするにはurlscan.iniの
RemoveServerHeader=1
と設定します。デフォルトは0になっています。
urlscan.iniの設定を反映するには、管理ツールより「IIS Admin」を再起動します。それに伴って再起動されるサービスも再起動しておきます。
再起動後、ヘッダ情報にはサーバ情報が表示されなくなるようになります。