DerbyDBではijコマンドというのがあります。
コマンドプロンプトからijコマンドを実行し、ijプロンプトに入ります。
ijコマンドでDBに接続し、select文などを発行することができます。SQL*Plusのようなものです。
connect 'jdbc:derby:SampleDB;create=true';

と実行して、DBに接続しますが、上記ではSampleDBというDB（スキーマ）に接続します。create=trueとすることによって、SampleDBが存在しない場合は新規作成して接続してくれます。
既に存在する場合はそのまま接続します。この時、DerbyDBを起動していないと接続に失敗します。

DB名をSampleDBとしました。このままテーブルをcreateするとデフォルトでAPPというスキーマになります。
スキーマを変更したい場合は

connect 'jdbc:derby:SampleDB;create=true;user=MY;';

というようにuser=スキーマ名を指定するとスキーマ名を変更することができます。
パスワードも設定できますが空文字以外は何でも接続できるようになっています。
connect 'jdbc:derby:SampleDB;create=true;user=MY;password=abc';

テーブル一覧を表示したい場合は

show tables;

と実行すると一覧が表示されます。